Info

Translationeel onderzoek en ICT

'De patient staat centraal' - het delen van en werken met onderzoeksgegevens

Modern medisch onderzoek brengt een lawine aan gegevens voort, waarvan een groot deel digitaal is. Dat is een bron van informatie waar vervolgonderzoek uit kan putten.

De grote hoeveelheid data in translationele onderzoeksprogramma's en hun verdeling over verschillende onderzoekslaboratoria en klinieken vereisen een informatica-infrastructuur die een naadloze integratie, uitwisseling en analyse van grote hoeveelheden gegevens mogelijk maakt.

Binnen CTMM zijn op dit vlak twee initiatieven opgestart: het TraIT project en het valorisatieproject NGS-ProToCol. Hieronder vindt u een korte beschrijving.

 

TraIT

Het TraIT (Translationele Research IT)  project is een Nederlands consortium geïnitieerd door CTMM. Het doel is om de translationele onderzoeksgemeenschap te voorzien van een eenvoudig toegankelijke en makkelijk te gebruiken infrastructuur om zo het delen van onderzoeksgegevens en interactie tussen medici en onderzoekers te bevorderen.

TraIT streeft ernaar een IT-infrastructuur te creëren dat translationele onderzoekslogistiek, data management, data-integratie en data-analyse op nationaal niveau faciliteert, maar ook als een Nederlands knooppunt fungeert in internationale netwerken.

Voor meer informatie, bekijk de CTMM TraIT website (Engelstalig) en het CTMM TraIT programma.

 

NGS-ProToCol

Het begrijpen en aanpakken van prostaat- en darmkanker door het ontsluiten van de DNA-code, dat zijn de doelen van het CTMM valorisatieproject NGS-ProToCol (gestart per 1 januari 2014).

De gegevens, hulpmiddelen en expertise, gegenereerd binnen NGS-ProToCol, vormen vervolgens een toekomstige bron van informatie voor andere onderzoeksgroepen. Deze kunnen daarmee de nieuwste sequencing technologieën toepassen voor andere ziektebeelden.

9 dagen eerder

Het computerprogramma Healthmap zag de ebola-epidemie negen dagen eerder aankomen dan de World Health Organisation (WHO). Hoe is het mogelijk dat een computerprogramma de uitbraak eerder signaleerde dan de wetenschappers van het WHO? De eerste hulpverleners die in Guinee te maken kregen met ebola-patienten blogden over hun werk. Terwijl ze schreven over het behandelen van de patiënten met mysterieuze koorts met bloedingen in zuidoost-Guinee, bleek een enkeling ook via sociale media melding te maken van deze blogs.

HealthMap kon die paar meldingen uit miljarden posts pikken en koppelen aan de beperkte berichtgeving van de uitbraak. Die paar meldingen waren dus genoeg om HealthMap te triggeren om een waarschuwing voor een ebola-uitbraak te geven.

Lees meer op www.bright.nl

27-08-2014

Wiel niet opnieuw uitvinden

Openbaar beschikbare data zijn een groot goed, volgens humaan geneticus Cisca Wijmenga. 'We moeten vooral niet het wiel opnieuw uitvinden, dat is echt kapitaalverlies.'

Lees meer over algemene biobanken (PDF op site van Rijksuniversiteit Groningen)

Data4lifesciences

Begin dit jaar zijn de gezamenlijke universitair medische centra een samenwerkingsprogramma gestart op het gebied van Research IT; het programma Data4lifesciences. Onder regie van de Federatie van Universitair Medische Centra (NFU), werkt CTMM samen met landelijke programma’s en organisaties als TraIT, BBMRI-NL, Parelsnoer, DTL, Mondriaan en SURF de komende jaren aan de realisatie van een gedeelde data infrastructuur voor biomedisch onderzoek.

Meer informatie: www.nfu.nl

14-10-2015

Digitale pathologie

De digitale microscoop voor pathologen wordt momenteel ontwikkeld en zal naar verwachting in 2020 in ziekenhuizen gebruikt worden. Daarmee kan een patholoog veel sneller werken. Bij twijfel kan hij de microscoopbeelden delen met collega-pathologen. Waar deze collega's zich bevinden maakt niet meer uit, want de beelden worden digitaal gedeeld. De beelden kunnen ook nog eens worden opgeslagen in een grote databank* zodat andere onderzoekers daaruit kunnen putten. Luister het interview terug met Hans van Wijngaarden van Philips Digital Pathology Solutions, dat bij BNR Eyeopeners op 25 augustus 2014 werd uitgezonden (duurt ongeveer 15 minuten).

26-08-2014

 

*zie CTMM TraIT project en CTMM Jaarverslag 2013, pag. 22 over tEPIS werkpakket.

Hergebruik gegevens

Met het toepassen van zogenaamde Translationele Onderzoeks-IT kan veel geld worden bespaard op onderzoek.

Door hergebruik van reeds door anderen verzamelde datacollecties kan een onderzoeker met véél minder moeite aan zijn benodigde gegevens komen. Ook kan hij of zij daardoor zijn data-analyse versnellen. Dat scheelt dus tijd en geld.

Bovendien kan hij of zij door integratie van meerdere datasets op verrassende nieuwe invalshoeken stuiten. Met CTMM is dat mogelijk. Er is een volledige workflow-ondersteuning ingericht.

Lees meer over het TraIT project of kijk op de TraIT website (Engelstalig).